Wspólnota Odnowy w Duchu Świętym „Dobry Pasterz” powstała, jako owoc adwentowych rekolekcji głoszonych w naszej parafii przez charyzmatycznego kapłana z Łodzi, śp. o. Józefa Kozłowskiego SJ, będącego wówczas filarem polskiej Odnowy. Już podczas tych rekolekcji ukształtował się charyzmat przyszłej wspólnoty – posługiwanie Miłosierdziu Bożemu.
Pierwsze spotkanie modlitewne odbyło się na dwa dni przed Wigilią Bożego Narodzenia, w czwartek 22 grudnia 1995 r. Uczestniczyło w nim 12 osób. Ksiądz prałat Stanisław Majewski, który był pierwszym opiekunem duchowym Wspólnoty, odczytał w tym fakcie znak Bożej łaski, gdyż liczba ta oznacza 12 apostołów. Następny znak wiąże się z nazwą „Dobry Pasterz”, patronem wybranym przez księdza prałata za symbol jego święceń kapłańskich. Dobry Pasterz symbolizuje Jezusa Chrystusa, wyrażającego Bożą opiekę i współczucie, czyli aktywną, pełną miłości odpowiedź Boga na sytuację człowieka grzesznego, zagubionego, poranionego, który tylko w Nim może odnaleźć jedyną pomoc, odzyskać utraconą czystość. Kolejny znak Bożej łaski odczytać można czwartku obranym na dzień spotkań grupy, gdyż jest to dzień modlitwy za kapłanów.
            Sprawowanie opieki duchowej przejmowali kolejno posługujący w parafii kapłani: ks. Piotr Kociniewski, ks. Ryszard Domin, ks. Piotr Rutkowski, ks. Szymon Chachulski, ks. Andrzej Kowalski, ks. Marek Żuchowski, ks. Waldemar Konczalski, ks. Andrzej Jakielski, ks. Antoni Kwiatkowski, ks. Maciej Kępczyński. Od wielu lat ze wspólnotą związani są również inni: ks. Józef Kiełpiński – diecezjalny egzorcysta, ks. Artur Szymczyk oraz księża Roman Sadowski. i Andrzej Kowalski (dawny opiekun wspólnoty) – ojcowie duchowni kleryków WSD w Toruniu, a także nieżyjący już ojciec Jan Mikrut, redemptorysta, który zapraszał grupę „Dobry Pasterz” na wypoczynek i rekolekcje w górach. Pierwszymi świeckimi liderami wspólnoty byli Bożena i Jan Szwechowiczowie.
            Od roku 1996 Wspólnota prowadzi w parafii coroczne Rekolekcje Ewangelizacyjne Odnowy w Duchu Świętym. Uczestniczą w nich parafianie i osoby spoza parafii, w tym z innych miejscowości (Chełmno, Chełmża, Inowrocław, Grudziądz, Łubianka, Jabłonowo Pomorskie, Rozgarty). Ich owocem stały się nowe wspólnoty Odnowy założone przez niektórych uczestników rekolekcji np. w Chełmnie. Wspólnota „Dobry Pasterz” prowadziła również rekolekcje na zaproszenie innych toruńskich parafii, Świętych Piotra i Pawła, Ciała i Krwi  Chrystusa, św Józefa w Toruniu.
            W 2000 r. Wspólnota została powierzona opiece Maryi i za jej pośrednictwem każdego roku podejmuj Adopcję Duchową Dziecka Poczętego. Od 2005 r. z inicjatywy ks. Andrzeja Kowalskiego „Dobry Pasterz” animuje msze święte w intencji uzdrowienia, które odbywają się w każdą ostatnią sobotę miesiąca. Przez 14 lat uczestniczył w nich diecezjalny egzorcysta ks. Józef Kiełpiński. Do celebry byli zapraszani również ks. Artur Szymczyk, ks. Jan Reczek z Krakowa, ks. Zbigniew Tartak z Żar. Podczas tych Eucharystii trwa nieustanna modlitwa osłonowa, a później członkowie Wspólnoty przez miesiąc modlą się w intencjach przyniesionych przed ołtarz. Zanim msze św. z modlitwą o uzdrowienie weszły w życie, członkowie Wspólnoty przez kilka lat modlili się i pościli w tej intencji. Modlitwa i post trwają do dnia dzisiejszego.

Od listopada 2007 r. jako odpowiedź na pragnienie wielu osób, nie tylko z naszej parafii, w piątek, przed sobotnią mszą o uzdrowienia, istnieje możliwość osobistego spotkania z Bogiem Miłosiernym w ciszy podczas całonocnej adoracji. Adorację poprzedza Szkoła Miłosierdzia, w jej trakcie głoszone są katechezy przez członków wspólnoty, a po nich odbywa się modlitwa wstawiennicza, będąca szczególnym darem posługi Wspólnoty.
            Mocnym atutem wspólnoty „Dobry Pasterz” jest zespół muzyczno – modlitewny kierowany przez Bożenę Szwechowicz. Jego członkowie animują śpiew i modlitwę podczas czwartkowych spotkań modlitewnych, na rekolekcjach, podczas dni skupienia.  Dawniej zespół animował modlitwę śpiewem podczas niedzielnych mszy św. o godz. 12:15 w naszej parafii. Obecnie posługuje podczas mszy świętych w intencji uzdrowienia oraz podczas Triduum Paschalnego, czuwania w przeddzień Zesłania Ducha Świętego, Święta Jedności Wspólnot Odnowy w Duchu Świętym (odbywają się co dwa lata) oraz w trakcie comiesięcznych mszy św. dla wszystkich wspólnot Odnowy z Diecezji Toruńskiej.
            W grupie „Dobry Pasterz” wzrastały i rozwijały się dwa powołania do życia zakonnego. Sebastian Gierszewski wstąpił do Zgromadzenia Ojców Paulinów, a Joanna Szczuczko wstąpiła do zakonu Sióstr Pasterek w Jabłonowie Pomorskim.

Dbając o pogłębienie formacji duchowej wspólnota uczestniczy każdego roku w ogólnopolskich spotkaniach formacyjnych Odnowy w Duchu Świętym w Częstochowie; w letnich diecezjalnych rekolekcjach organizowanych w różnych miejscach, takich jak: Zamek Bierzgłowski, Dólsk, Brodnica, Powałkowice, Grudziądz, obecnie Toruń; w cyklicznych spotkaniach „Szkoły dla Liderów i Animatorów” oraz „Szkoły Ducha Świętego”. Na przestrzeni lat wspólnota brała udział w rekolekcjach w Dobrym Mieście, Głotowie, Magdalence i Wolborzu.

            Na czwartkowe spotkania wspólnoty przychodzą osoby w różnym wieku. Są to kobiety i mężczyźni, osoby stanu wolnego i małżonkowie. Wszystkich łączy jedno: pragnienie oddania chwały Bogu Stwórcy, Jego Synowi Jezusowi oraz Duchowi Świętemu.